オミックスデータの多変量解析 (データサイエンス教育)　

• 多変量解析を用いたメタボロームデータ解析
  • 多変量解析を用いたメタボロームデータの可視化と、負荷量が解釈可能な手法の開発を行っています。
    
  • Rのloadingsパッケージ [loadings: Loadings for Principal Component Analysis and Partial Least Squares]で計算可能です。
    
  • 多変量解析を用いたオミックスデータ解析のためのRパッケージloadingsの開発@ Bio”Pack”athon2024#9　解説動画 / スライド

バイオデータベース活用 (ソフトウェア実装)　

• エンリッチメント解析
  • 代謝パスウェイとの関連を調べるエンリッチメント解析について、検出できない代謝物を考慮した手法の開発を行っています。
  • Rのmseapcaパッケージ[mseapca: Metabolite Set Enrichment Analysis for Loadings]をCRANで公開しています。
    
  • 検出されない代謝物を考慮したエンリッチメント解析 @ Bio”Pack”athon2025#6　解説動画 / スライド
  • 山本博之, "多変量解析，エンリッチメント解析，代謝マップ描画", メタボロミクス実践ガイド, 羊土社, 2021.[ link ]
• リポジトリデータ再解析(データ収集)
  • 創発的再解析のためのメタボローム統合データベース(統合化推進プログラム 2024～)

質量分析インフォマティクス (コミュニティ形成)

• 質量分析インフォマティクス研究会
  • 年1回、研究会ワークショップ、ハッカソン、ソフトウェア講習会、IIBMPでのワークショップを行っています。
    
  • Rで質量分析データを処理するための技術資料(作成中)を公開しています。 解説動画 / スライド
    
• MS/MSスペクトルデータ解析
  
  • MS/MSスペクトルデータ可視化のためのMSplusRを開発しています。いずれMass++と連携したいと思っています。
  • MS/MSデコンボリューションのためのMS2DecRを開発しています。
  • 大規模なMS/MSスペクトルライブラリに基づいて、アノテーションを行うためのLargeScaleMSPyを開発しています。