バイオインフォマティクス

• オミックスデータの多変量解析 (詳細)　
  • 多変量解析を用いたメタボロームデータ解析
    • 多変量解析を用いたメタボロームデータの可視化と、負荷量が解釈可能な手法の開発を行っています。
      
    • Rのloadingsパッケージ [loadings: Loadings for Principal Component Analysis and Partial Least Squares]で計算可能です。
      

• バイオデータベース活用 (詳細)　
  • エンリッチメント解析
    • 代謝パスウェイとの関連を調べるエンリッチメント解析について、検出できない代謝物を考慮した手法の開発を行っています。
    • Rのmseapcaパッケージ[mseapca: Metabolite Set Enrichment Analysis for Loadings]をCRANで公開しています。
      
    • 参考資料
      • 山本博之, "多変量解析，エンリッチメント解析，代謝マップ描画", メタボロミクス実践ガイド, 羊土社, 2021.[ link ]
  • リポジトリデータ再解析(データ収集)
    • 創発的再解析のためのメタボローム統合データベース(統合化推進プログラム 2024～)

• 質量分析インフォマティクス
  • 質量分析インフォマティクス研究会
    • 年1回、研究会ワークショップ、ハッカソン、ソフトウェア講習会、IIBMPでのワークショップを行っています。
      
    • Rで質量分析データを処理するための技術資料(作成中)を公開しています。
      
  • MS/MSスペクトルデータ解析
    
    • MS/MSスペクトルデータ可視化のためのMSplusRを開発しています。いずれMass++と連携したいと思っています。
    • MS/MSデコンボリューションのためのMS2DecRを開発しています。
    • 大規模なMS/MSスペクトルライブラリに基づいて、アノテーションを行うためのLargeScaleMSPyを開発しています。

データサイエンス教育

• 多変量解析セミナー
  • 有償でのセミナーを行っています。 多変量解析入門【PC実習あり】(情報機構社) (2023.11.9-10) (過去の開催)
• 資格
  • 統計検定2級、3級(2011年)、国際資格(RSS) MODULE2 PROBABILITY MODELS(2013年)